Mit BEKENNTNISSE EINES ÖKO-TERRORISTEN gibt Tierschützer und Filmemacher Peter Brown einen direkten Einblick in das Leben von Tierrechtsaktivisten auf hoher See. Der Film zeigt den Kampf der radikalen Gruppen Sea Shepherd Conservation Society gegen die brutale und oft illegale Abschlachtung von Tieren in und um die Weltmeere unter der Führung des bekannten Aktivisten Paul Watson. Die Crew-Mitglieder befahren unter ihrer Version der Totenkopffahne, die Weltmeere und kämpfen oftmals auf sehr unorthodoxe Art und Weise gegen die Tierfänger. Vom Abspielen von Wahlgesängen bis hin zu direktem Rammen mit dem Schiff scheuen die Aktivisten vor nichts zurück. Mit teilweise viel Humor zeigt Brown den Alltag und die Schwierigkeiten, mit denen die Tierschützer dabei zu kämpfen haben.